答案：B
 

解析：根據所學知識可判斷，“自由人”主要指白人，“其他人口”指的是黑人和印第安人等，這樣的規定顯示它們是不平等的，這種不平等顯然不是州的不平等，而是種族的不平等。故排除D項。
主權在民強調的是國家的一切權力來源于人民的授予，國家權力尊重和保障公民的權利與自由，A項顯然不符合題意，應排除。
美國1787年憲法規定各州應該怎么做，強調的是中央集權，而非各州自治原則，故C項應排除。
材料中規定“按自由人總數加上所有其他人口的五分之三予以確定”，其中的“自由人總數”實際上對人的權力劃了等級，有了歧視，違背了天賦人權原則。故B項正確。
故選：B。
本題考查美國1787年憲法。考查美國1787年憲法的內容和體現的原則，學生解讀材料、運用所學知識解決問題的能力。
本題關鍵信息“自由人”和“所有人口的五分之三”。天賦人權指的是：指自然界生物普遍固有的權利，并不限由法律或信仰來賦予的。主權在民強調的是國家的一切權力來源于人民的授予，國家權力尊重和保障公民的權利與自由。